Jurusan Teknologi Pertanian pertama kali berdirinya bernama Jurusan Pengolahan Hasil Hutan yang juga sekaligus sebagai Program Studi Pengolahan Hasil Hutan, bersamaan dengan berdirinya Politeknik Pertanian Negeri Samarinda pada tahun 1997 berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia, Nomor 087/O/1997, tanggal 28 April 1997, tentang Pendirian Politeknik Pertanian Negeri Samarinda yang pada masa tersebut hanya ada 2 Jurusan yang juga sekaligus Program Studi yaitu Jurusan/Program Studi Pengolahan Hasil Hutan dan Jurusan/Program Studi Pengelolaan Hutan.
Seiring dengan perkembangan Politeknik Pertanian Negeri Samarinda hingga pada tahun 2011 Jurusan/Program Studi Pengolahan Hasil Hutan berubah nama menjadi Jurusan Teknologi Pertanian dan Jurusan/Program Studi Pengelolaan Hutan berubah nama menjadi Jurusan Manajemen Pertanian berdasarkan SK Direktur Politeknik Pertanian Negeri Samarinda, Nomor 58/KP/2011, tanggal 2 Mei 2011, tentang Perubahan Nama Jurusan Di Lingkungan Politeknik Pertanian Negeri Samarinda.
Melalui perubahan nama pada tahun 2011 tersebut, selanjutnya Jurusan Teknologi Pertanian membawahi 2 program studi Diploma 3 yaitu Prodi Pengolahan Hasil Hutan (PHH) dan Prodi Teknologi Pengolahan Hasil Perkebunan (TPHP).
Pada tahun 2017 Prodi PHH sebagai prodi induk mengisiasi pengusulan program studi baru Diploma 4 yaitu Prodi Rekayasa Kayu. Prodi Rekayasa Kayu resmi berdiri Berdasarkan Keputusan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Republik Indonesia, Nomor 634/KPT/I/2017, tanggal 14 Nopember 2017 tentang Izin Pembukaan Program Studi Rekayasa Kayu Program Sarjana Terapan Pada Politeknik Pertanian Negeri Samarinda dan berada di bawah Jurusan Teknologi Pertanian.
Pada tahun 2021 berdasarkan Peraturan Direktur Politeknik Pertanian Negeri Samarinda Nomor 2 Tahun 2021 tentang Pengembangan/Pendirian Jurusan Politeknik Pertanian Negeri Samarinda program studi Pengolahan Hasil Hutan (PHH) dan Rekayasa Kayu (RK) tergabung dalam Jurusan Teknologi Hasil Hutan. Seiring perkembangan Politani Samarinda, pada tahun 2023 program studi Pengolahan Hasil Hutan (PHH) tergabung dengan empat program studi lain yaitu Rekayasa Kayu (RK), Pengelolaan Hutan (PH), Pengelolaan Lingkungan (PL), dan Teknologi Rekayasa Pengendalian Pencemaran Lingkungan (TRPPL) dalam Jurusan Lingkungan dan Kehutanan Politeknik Pertanian Negeri Samarinda Peraturan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia Nomor 50 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Pertanian Negeri Samarinda.
''Menjadikan program studi Pengolahan Hasil Hutan sebagai pusat pendidikan vokasi unggulan dan profesional dibidang Teknologi Hasil Hutan''